Har bodd i Tokyo tidligere. Tradisjonell leie er som du sier vanskelig og dyrt (krav om lokal garantist, "key money" etc. etc.) og anbefales kun om du skal være der en god stund.
Det finnes derimot flere firma som spesialiserer seg på korttidsutleie til utlendinger:
Sakura House har vært i gamet lenge og har mange rimeligere alternativer:
http://www.sakura-house.com
Oakwood er representert i en rekke land og byer, inkl. Tokyo:
http://www.oakwood.com/
Noen andre som jeg ikke kjenner til like godt:
http://www.tokyoapartment81.com/
http://www.furnished-apartment-tokyo.com/